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Ph.D (2010) Ecole Normale Supérieure de

Lyon, France

rsotorifo@med.uchile.cl

Líneas de Investigación

MICROBIOLOGÍA Y VIROLOGÍA

Caracterización de las mecanismos moleculares y celulares involucrados en el control post-transcripcional de mRNAs utilizando principalmente el Virus de la Inmunodeficiencia Humana de tipo-1 (HIV-1) como modelo de estudio. Pese a codificar la proteína estructural mayor, el RNA genómico de HIV-1 posee aspectos que son incompatibles con una eficiente exportación nuclear y traducción. Sin embargo, el virus ha generado estrategias, no muy bien comprendidas, que le permiten realizar ambos procesos de manera muy eficiente. Recientemente, hemos caracterizado un nuevo mecanismo en el cual HIV-1 recluta selectivamente una proteína del hospedero llamada DDX3, la cual desestabiliza estructuras de RNA que actúan como una barrera para el reclutamiento de los ribosomas. De manera interesante, esta etapa que prepara el mRNA viral antes de ser traducido, ocurriría compartimentalizada en gránulos citoplásmicos donde el RNA genómico se acumula junto a DDX3 y un grupo reducido de factores de inicio de la traducción.

Debido a que DDX3 ha sido propuesta como un blanco potencial para el desarrollo de nuevas drogas anti-HIV, actualmente estamos investigando la participación de factores virales y 0celulares en la actividad de esta proteína para así comprender de manera más detallada su función. En paralelo, estamos tratando de aislar y caracterizar, mediante el uso de técnicas de alto rendimiento (espectrometría de masas y “deep-sequencing”), todas las proteínas y RNAs reguladores (miRNAs, long non-coding RNAs, etc) que se asocian al RNA genómico viral para así poder ampliar nuestro conocimiento sobre las bases moleculares y celulares que gobiernan las diferentes etapas de la expresión génica en HIV-1. También estamos desarrollando un sistema que nos permita realizar “screenings” rápidos de pequeñas moléculas con posibles actividades antivirales.

Debido a la emergencia de cepas resistentes a la mayoría, sino todas las drogas antivirales actualmente en uso (las cuales tienen como blanco principal las enzimas virales), se hace urgente el desarrollo de terapias alternativas. El estudio detallado de los diversos procesos del ciclo replicativo de HIV-1 permitirá generar el conocimiento necesario para el desarrollo de estas nuevas terapias. De esta forma, mediante la intervención de la relación virus-hospedero,se evitará la aparición de cepas que generen resistencia.

Publicaciones Recientes

Bárbara Rojas-Araya, Théophile Ohlmann* and Ricardo Soto-Rifo* (2015) “Translational control of the HIV-1 unspliced genomic Mrna” Viruses (accepted). Co-corresponding authors ISSN: 1999-4915 IF: 3.353.

 

Fernando Valiente-Echeverría*, Marcela A. Hermoso and Ricardo Soto-Rifo* (2015) “RNA helicase DDX3: at the crossroad of viral replication and antiviral immunity” Reviews in Medical Virology DOI: 10.1002/rmv1845 *Corresponding authors ISSN: 1099-1654. IF: 5.574

 

Peña N, Carrillo D, Muñoz JP, Chnaiderman J, Urzúa U, León O, Tornesello ML, Corvalán AH, Ricardo Soto-Rifo, Aguayo F. (2015) “Tobacco Smoke Activates Human Papillomavirus 16 p97 Promoter and Cooperates with High-Risk E6/E7 for Oxidative DNA Damage in Lung Cells” Plos One Apr; 1;10(4):e0123029. ISSN: 1932-6203. IF: 3.234

 

Ricardo Soto-Rifo*, Fernando Valiente-Echeverria, Paulina S. Rubilar, Francisco García-de-Gracia, Emiliano P. Ricci, Taran Limousin, Didier Décimo and Théophile Ohlmann*. (2014) “HIV-2 genomic RNA accumulates in stress granules in the absence of active translation” Nucleic Acids Research Nov;42(20):12861-75 *Corresponding authors ISSN: 1362-4962. IF: 9.112

 

Ricardo Soto-Rifo*, Paulina S. Rubilar, and Théophile Ohlmann*. (2013) “The DEAD-box helicase DDX3 substitutes for the cap-binding protein eIF4E to promote compartmentalized translation initiation of the HIV-1 genomic RNA” Nucleic Acids Research Jul;41(12):6286-99 *Corresponding authors ISSN: 1362-4962. IF: 9.112

 

Ricardo Soto-Rifo* and Théophile Ohlmann. (2013) “The roles of DDX3 in mRNA metabolism” Wiley Interdiscip Rev RNA. 2013 Jul-Aug;4(4):369-85 *Corresponding author. ISSN: 1757-7012. IF: 6.019

 

Sylvain de Breyne, Ricardo Soto-Rifo, Marcelo Lopez-Lastra and Théophile Ohlmann. (2013) “Translation initiation is driven by different mechanisms on the HIV-1 and HIV-2 genomic RNAs » Virus Research Feb;171(2):366-81. ISSN: 0168-1702. IF: 2.324.

 

Emiliano P Ricci*, Taran Limousin*, Ricardo Soto-Rifo*, Didier Decimo, and Theophile Ohlmann. (2013). “miRNA repression of translation in vitro takes place during 43S ribosomal scanning” Nucleic Acids Research Jan 7;41(1):586-98. *Co-first authors, equal contribution ISSN: 1362-4962. IF: 9.112

 

Ricardo Soto-Rifo, Taran Limousin, Paulina S. Rubilar, Sylvain de Breyne, Didier Décimo and Théophile Ohlmann (2012). “The DEAD-box RNA helicase DDX3 promotes translation of selected mRNAs by resolving structures located close to the m7GTP cap” EMBO J Aug 7;31(18):3745-56 ISSN: 0261-4189. IF: 10.434

 

Jorge Vera-Otarola, Loretto Solis, Ricardo Soto-Rifo, Emiliano Ricci, Karla Pino, Nicole Tischler, Théophile Ohlmann, Jean-Luc Darlix, and Marcelo Lopez-Lastra. (2012) “The Andes Hantavirus NSs protein is expressed from the viral Small mRNA by a leaky scanning mechanismJ Virol Feb;86(4):2176-87. ISSN: 1098-5514. IF: 4.439